Müslümanların İstanbul’u fetih arzuları çok erken tarihlerde başlamıştır. Hicrî 52, miladî 672 yılında Hz. Muhammed’in mihmandarı olan Ebu Eyyub el- Ensarî ile başlayan fetih hareketi, ancak onuncusunda yani Fatih Sultan Mehmed’in Bizans’a giriştiği son hamle ile neticelenecektir. Fethedilen yerin en büyük kilisesinin cami yapılması geleneği ise devam etmiş ve Ayasofya’nın kaderi de bu sebeple değişmiştir.
Başa geçtiğinde ilk işinin İstanbul’un fethi olacağı şayiası daha şehzadeliği zamanından beri duyulan Fatih tahta çıkınca Bizanslılar derin bir teessüre kapılmışlardır. 29 Mayıs 1453’te cebren Ayasofya’ya girmek mecburiyetinde kalan Türk askerleri hiç kimsenin hayatına dokunmamış ve yalnız esir almakla yetinmişlerdir. Türk ordusu değil Ayasofya’ya sığınanları öldürmek, İstanbul’a girdiği vakit Fernand Grenard’ın ifadesiyle yalnız silahla mukavemet gösterenleri ve vaziyetleri şüpheli görülenleri öldürmüşler, teslim olmayan diğerlerini esir etmişlerdi. Bizans halkı katliama maruz kalmamıştır. İstanbul’un 1453’te Osmanlı’nın fethinden sonra, fethin sembolü olarak, derhal Ayasofya Kilisesi camiye dönüştürülmüştür. O sıralarda Ayasofya harap bir haldeydi. Ayasofya’ya özel bir önem veren Fatih Sultan Mehmed kilisenin derhal temizlenip camiye çevrilmesini emretti, fakat adını değiştirmedi. Fatih Ayasofya’nın tahribini önlemiş, burada müezzinlerinden birine ezan okumasını emretmiş, müezzin ezan okuduktan sonra maiyeti ile beraber ilk namazı kıldıktan sonra camiyi kendi hayratının ilk eseri olarak vakfetmiştir. Ayasofya’nın ilk minaresi onun döneminde inşa edilmiştir. Minarelerden biri de sultan II. Bayezid tarafından eklenmiştir. II. Selim döneminde bina, Osmanlı baş mimarı Mimar Sinan tarafından eklenen dış istinat yapılarıyla takviye edilerek fazlaca sağlamlaştırılmıştır.
İslam geleneğini devam ettiren Selçuklular ve Osmanlılar, fethettikleri şehirlerin en büyük kilisesini camiye çevirmişler ve diğer kiliseleri Hıristiyan halkın ihtiyacını karşılayacak şekilde bırakmışlardır. Zaten İslam’da mabet dokunulmazlığı vardır. Kur’an-ı Kerim’de Bakara suresinin 114. ayeti de buna delildir: “Allah’ın mescidlerinde O’nun adının anılmasına engel olan ve onların harap olması için çalışandan daha zalim kim olabilir? Aslında bunların oralara ancak korka korka girmeleri gerekir. Böyleleri için dünyada rezillik var, âhirette de onlar için büyük azap vardır.” Fatih Sultan Mehmet İstanbul’u fethederek çağ açıp çağ kapamış ve bunun sembolü olarak da Ayasofya’yı camiye çevirmiştir.
Ayasofya’nın tekrar cami olma süreci ilk olarak 2005 yılında başladı, 2005 yılında yargıya taşınan olay Danıştay 10. Dairesi tarafından reddedildi. 2016’da tekrar açılan dava da Haziran 2018’de açıklanan karar ile aynı şekilde sonuçsuz kaldı. Temmuz 2016’da Ayasofya Müzesi’nde düzenlenen Kadir Gecesi programında, 85 yıl aradan sonra sabah namazı ezanı okundu. Ekim 2016’da Müze’nin ibadete açık olan bölümü Hünkar Kasrı’na, Diyanet İşleri Başkanlığı tarafından uzun yıllardan sonra ilk kez asaleten imam atandı. 2016 itibariyle Hünkar Kasrı bölümünde vakit namazlar kılınmaya ve minarelerinden Sultanahmet Camii ile 5 vakit çifte ezan okunmaya başlandı. 29 Mayıs 2020 tarihinde İstanbul’un Fethinin 567. yıl dönümünde Fetih Suresi okundu. Bu gelişmelerden sonra Ayasofya’nın cami olma süreci tekrar gündeme geldi. 10 Temmuz 2020 tarihinde Danıştay’ın, Ayasofya’yı camiden müzeye dönüştüren 1934 tarihli Bakanlar Kurulu düzenlemesini iptali yönündeki kararı sonrası yayımlanan Cumhurbaşkanlığı Kararnamesiyle Ayasofya’nın yeniden cami olarak ibadete açılması temin edildi. Bunun üzerine 2729 numaralı Cumhurbaşkanlığı Kararı ile Ayasofya, Diyanet İşleri Başkanlığına devredilerek tekrar cami statüsüne dönmüş oldu. 24 Temmuz 2020’de Ayasofya-ı Kebir Cami-i Şerifinde ilk Cuma namazı kılındı.
İstanbul’un özgürlüğünün en gözde sembollerinden olan Ayasofya, Fatih Sultan Mehmet nasıl vasiyet ettiyse öyle kalmalıdır. Torunları Fatih’in vasiyetini yerine getirmek için senelerce çabaladı. 24 Temmuz 2020’de o şanlı vasiyetname gereğini buldu. Bu gelişme tüm Müslüman aleminde coşkuyla karşılandı. İslam’ın kalesi olan Osmanlı devletinin hükümdarı Fatih’in, Ayasofya’yı özgürlüğüne kavuşturup en medeni topluma vakfetmesi gibi; bugün o medeni İslam toplumu mirasına sahip çıktı.
